福建医科大学图书馆始建于1937年，经过八十多年人文与历史的积淀，伴随着学校各项事业的高质量发展，图书馆文献信息资源建设和服务保障能力得到极大的提升。图书馆按照学校办学方向和办学特色，着力构建以现代医学文献信息资源为重点的工作思路，紧跟新一代科技信息技术发展步伐，不断改进服务方式，提升服务效能，已基本形成面向我校教学、科研和医疗等服务的现代化图书馆。目前，图书馆设有办公室及文献资源建设部、流通阅览部、技术服务部、学科服务部、文化建设与阅读推广部、医学信息检索教研室等6个业务部门。现有正式职工28人，高级职称4人、中级17人、初级及以下7人；硕士及以上学历人员20人。
学校图书馆由旗山校区图书馆、乌山校区图书馆及附属医院图书馆三个部分组成，总建筑面积达2.75万平方米。截止2024年8月31日，校本部馆藏纸质图书总量132.62万册，电子图书607.76万册，电子期刊55.69万册，学位论文1065.81万册，音视频85349.15小时，馆藏数据库共59个，其中包含CNKI、万方、中华医学期刊全文数据库等中文数据库24个，ScienceDirect、CELL Press系列期刊、JoVE实验视频期刊、BMJ(英国医学杂志）、NATURE、Wiley（牙医学分集/医学与护理合集）、LWW医学全文期刊数据库、NEJM（新英格兰期刊）、WOS-SCI(科学引文索引）数据库等外文数据库31个，自建库4个。附属医院馆藏纸质图书总量39.89万册，电子图书191.2万册，电子期刊5.91万册，学位论文67.81万册，音视频5266小时。
图书馆为全校读者（含附属医院读者）提供印刷型和数字化文献信息服务，所有数字资源实现24小时开放；提供图书借阅、文献复制、远程传递、检索查新、参考咨询等服务；提供阅览室（含考研自习室、研究生阅览室）座位2708个，多媒体阅览室（夜间自习室）1间，座位数60个；开放研修室5间，座位数66个，可供各学院或附属医院科研团队开展学术研究、学术讲座、学术沙龙等活动；承担学校本科生和研究生医学信息检索课程教学及信息素养培训工作。图书馆以数字化转型为核心，已开通了“智慧分析平台”、“学科服务平台”，可以满足用户对教学科研的高阶需求，完善了“外文统一检索及文献传递平台”“、Fulink检索平台”建设，基本实现“一站式”检索服务及文献传递服务。两个校区图书馆管理系统互联互通，实现两校区图书馆通还通借服务。
图书馆注重阅读推广品牌建设。每年以4月23日“世界读书日”为契机，建立“主题读书月”活动品牌；每年10月第2周星期二为“数字资源宣传日”，建立“数字资源宣传月”活动品牌；每年秋季新生入学、新教职员工入职，建立了“新生入馆教育”“新师资入职培训”制度，做到迎新服务全覆盖。2023年图书馆新开设了文化与阅读类的“思语讲堂”、医学信息素养教育类的“醫·学堂”，深受读者喜爱。“福医·大梦书屋”自2021年作为全省高校图书馆首家引进的实体书店，目前，已设有“福医·大梦大学生人文素养培育示范基地”、“福医大梦·文学空间校地共建基地”等两个品牌基地，并获得“2023年福建省全民阅读优秀项目”；“福医·大梦书屋”开展的一系列富有品牌特色的阅读推广、文化推广等人文建设，极大地提升了图书馆文化传播效应。
图书馆注重队伍建设和科研能力提升。近年来，图书馆采取“走出去、请进来”的方式，不断提升拓展队伍能力素质，同时，定期开展馆员业务分享交流，全面提升馆员服务教学科研的能力。在科研能力方面，2023年图书馆在研科研课题7项，馆员已发表科研论文13篇，其中核心期刊论文1篇。2023年图书馆在全体馆员的共同努力下，获评“福建省图书馆学会2016-2023年度先进集体”，馆员完成的案例获得“2023年福建省高校图书馆信息素养教育案例大赛二等奖”、完成的研究成果获得“2023年度华东地区科学技术情报成果奖三等奖”等十余项个人或集体荣誉。
图书馆在校党委、校行政领导下，在校机关党委的指导下，认真贯彻为学校教学、科研、医疗服务的宗旨，围绕数智化转型服务，加强管理，夯实基础，锐意改革，不断创新，扎实做好教学科研服务保障工作，服务学校“双一流”和附属医院“创双高”建设，稳步推进图书馆各项事业向前发展。
